หลวงปู่พุทธะอิสระ ได้ดำริและริเริ่มจัดทำโครงการต่างๆ มากมายสืบเนื่องมาจนถึงปัจจุบัน
- การแสดงธรรม ท่านได้ไปแสดงธรรมแก่พุทธศาสนิกชน ทั้งหน่วยงานภาครัฐ และเอกชน อาทิเช่น สถานศึกษา โรงพยาบาล บริษัท และองค์กรต่างๆ กว่า 100 แห่ง เฉลี่ยในแต่ละปีหลวงปู่จะมีการแสดงธรรมถึง 400 ครั้ง รวมทั้งท่านจะมีการแสดงธรรมและสอนปฏิบัติธรรมแก่ญาติโยมเป็นประจำทุกวันอาทิตย์ตามสถานที่ต่างๆ อีกด้วย
- โครงการเผยแผ่ธรรม โดยมี หนังสือธรรมะ เทป และซีดี ซึ่งท่านจะเป็นผู้เขียนหนังสือเพื่อเผยแผ่ธรรมะประมาณ 40 เรื่อง เทป และ ซีดี มากกว่า 500 เรื่อง
- โครงการอบรมพระวิปัสสนาจารย์ ดำเนินการจัดฝึกอบรมพระวิปัสสนาจารย์ของจังหวัดนครปฐม
- โครงการศากยบุตรกู้วิกฤต เนื่องจากท่านเห็นว่าวิกฤตเศรษฐกิจของบ้านเมืองทำให้ผู้คนหมดหวัง หมดที่พึ่ง ดังนั้นท่านจึงเปิดรับคนเข้ามาบวชในโครงการศากยบุตรกู้วิกฤต และอบรมให้มี ความรู้มีวิชาชีพ จากนั้นจึงส่งไปเผยแผ่ธรรมให้ความรู้แก่ประชาชนในชนบท
- โครงการบรรพชา และ อุปสมบทพระภิกษุ สามเณร ภาคฤดูร้อน รวมทั้งการอุปสมบทพระภิกษุ เพื่อถวายเป็นพระราชกุศลในวันเฉลิมของทุกปี โดยผู้เข้าร่วมโครงการไม่เสียค่าใช้จ่ายใดๆ ทั้งสิ้น ซึ่งท่านเคยทำมาตั้งแต่อยู่วัดคลองเตยใน ท่านก็สานต่อโครงการนี้เรื่อยมา
- โครงการธรรมศึกษาในโรงเรียน ดำเนินการร่วมกับศึกษาธิการ อำเภอกำแพงแสน โดยจัดส่งพระภิกษุไปสอนตามโรงเรียนต่างๆ สนับสนุนการสอนธรรมศึกษาสนามหลวง และจัดตั้งกองทุนค่าพาหนะแก่พระสงฆ์ที่ไปสอน
- โครงการค่ายจริยธรรม ท่านได้ให้พระเณรในวัดอ้อน้อย จัดค่ายอบรมจริยธรรมคุณธรรม ให้กับนักเรียนนักศึกษา รวมทั้งบริษัท และองค์กรต่างๆ ทั้งรัฐและเอกชน มีผู้มาเข้าค่ายอบรมปีละประมาณ 3000 คน
- โครงการมอบทุนการศึกษา แก่นักเรียนในโครงการธรรมศึกษา นักเรียนที่ยากไร้ รวมทั้งพระนักศึกษาในสถาบันการศึกษาของสงฆ์ เป็นประจำทุกปี
- โครงการกลุ่มออมทรัพย์วัดอ้อน้อย เพื่อสนับสนุนให้ชุมชนได้เรียนรู้อาชีพ มีทุนประกอบอาชีพพึ่งตนเองได้ในท้องถิ่น
- โครงการกลุ่มออมทรัพย์วัดอ้อน้อย เพื่อสนับสนุนให้ชุมชนได้เรียนรู้อาชีพ มีทุนประกอบอาชีพพึ่งตนเองได้ในท้องถิ่น
- โครงการแจกมหาทานแก่ครอบครัวผู้ยากไร้ โดยจัดมอบข้าวสาร อาหารแห้ง ยารักษาโรค และเงินจำนวนหนึ่ง เนื่องในโอกาสต่างๆ เช่นวันสำคัญทางศาสนา หรือเมื่อประชาชนประสบปัญหา เช่น อุทกภัย ซึนามิ
- กองทุนดูแลพระสงฆ์อาพาธจังหวัดนครปฐม โดยบริจาคเงินกองทุนเริ่มแรก 500 ,000 บาท
- โครงการอนุรักษ์อุทยานธรรมชาติ และศาสนา โดยจัดให้มีการปลูกป่าในวันสำคัญต่างๆ ณ สถานที่ปฏิบัติธรรมหลายแห่ง
- โครงการศูนย์การเรียนรู้ชุมชนธรรมอิสระ ด้วยเล็งเห็นว่ายังมีเด็กที่เรียนดีแต่ขาดโอกาสอีกมากมาย ท่านจึงได้ตั้งศูนย์การเรียนชุมชนธรรมอิสระขึ้น เพื่อเปิดโอกาสให้เด็กยากจนได้รับการศึกษาในชั้นมัธยมศึกษาตอนต้นและตอนปลาย พร้อมทั้งสนับให้เรียนต่อถึงระดับอุดมศึกษา และสายวิชาชีพแล้วแต่ความประสงค์ของเด็กแต่ละคน ทั้งนี้เด็กๆ ไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายใดๆ ทั้งสิ้น เพื่อให้เด็กทุกคนเติบโตเป็นบุคคลทีพึ่งตนเองได้ และเป็นที่พึ่งให้กับผู้อื่นได้
- โครงการพิเศษอื่นๆ ที่ท่านดำริทำขึ้นเพื่อช่วยเหลือประชาชนที่เดือนร้อน เช่น โครงการสร้างบ้าน และห้องสมุดสาธารณะให้กับผู้ประสบภัยสึนามิ ที่เกาะลันตา จังหวัดกระบี่ รวมทั้งการไปร่วมเทศนาธรรมกับชาวมุสลิม เพื่อสร้างความสมานฉันท์ให้เกิดขึ้นภายในชาติ
